Най-ранното писмено сведение за селището е от 1624 година. Според легендите то е създадено в началото на XV век. Тогава по тези земи господствал зъл и алчен владетел на име Еница. Той затворил всички кладенци и оставил само един. Местните жители и хората от околните села трябвало да купуват с медни пари водата от кладенеца. Затова и селището било известно като Балбунар (Меден кладенец).

На километър и половина източно от Кубрат, в местността Янката, се намира балбунарската селищна могила. От направените разкопки става ясно, че около могилата е имало селище преди повече от 4000 години. През VII век народностният състав бил славяно-български. Селището просъществува до падането на България под османско иго (началото на XIV век). На негово място е създадено от пришълци село Балбунар. Първите къщи са разположени около Медния кладенец, сега Kубратски площад.

В 1890 година в Балбунар се открива основно училище, а на 4 май 1891 се учредява читалище "Кирил и Методий".

Балбунар приема новото си име през 1934 година - на прабългарския ювиги хан Кубрат, известен в българската история със своя мъдър завет към синовете си: да са единни, за да не може някой да ги сломи, както не могат лесно да се пречупят пръчките лозови, вързани в един сноп.

Най-забележителните придобивки на Кубрат до 1940 година са две мелници, две даракчийници и една маслобойна. Главният поминък на населението е земеделие, скотовъдство, дърводобив, тухларство, търговия с бакалски и манифактурни стоки. През 1945 година се основава ТПК, която обединява всички дребни занаятчии. Открити са отдели за шивачество, обущарство, сарачество, коларожелезарство, дървообработване и други.

През 1949 година село Кубрат е обявено за град.