Yerleşim yeri olarak en erken yazılı bilgi 1624 yılındandır. Efsanelere göre XV. asrın başında kurulmuştur. Bu yerlerde Enitsa adında kötü ve açgözlü bir hükümdar yaşıyormuş. Tüm pınarları kapatıp tek birini bırakmış. Yerli ve etraf köy halkı para ile bu pınardan su alma mecburiyetinde kalmış. Bu nedenle yerleşim yeri Balbunar adı ili bilinmîş.
Kubrat’ın 1,5 km Doğusunda “Yankata” mevkîde Balbunar yerleşim toprak tepesi bulunmaktadır. Yapılan kazılar sonucu burası 4000 yıl önce yerleşim yeri olduğu malüm olmuştur. Yedinci asırda millet terkibi olarak Islav-Bulgar halkı yaşıyormuş. Osmanlı devleti himayesi altına girinciye kadar mevcut imiş. Göçmen olarak gelenler onun yerine Balbunar köyünü kurmuşlar. Ìlk evler önceden varolan pınar dolayında bugünkü Kubrat merkezinde kurulmuş.
1890 yılında Ìlköğretim Okulu açılmış. 4 Mayıs 1891 yılında ise bugünkü “ Kiril i Metodiy” okumayurdu kurulmuş.
Balbunar yeni adını 1934 yılında afmış. Bulgar tarihinde, bir demete bağlı üzüm çubuklarının kolayca kırılmadıkları gibi, birliklikte olup kimseye yenilmemeleri için oğullarına verdiği akıllı vasiyeti ile bilinen atabulgar Kubrat hanın adını almıstır.
1940 yılına kadar Kubrat şehrin en önemli edinimleri iki değirmen, iki tarakhane ve bir yağhanedir. Halk geçimini tarım, hayvancılık, odun geliri, tuğlacılık, bakkal ve manifatura malları tüccarlığı ile sağlıyormuş.
1945 yılında kurulan Emek Üretim Kooperatifi tüm küçük esnafı, zanaatçıyı bir araya toplayıp birleştirmiş. Terzilik, eskicilik, saraççılık, arabacılık, odun işleme ve başka bölümler açılmış.
1949 yılında Kubrat köyü şehir ilân edilmiştir.