Самое раннее письменное сведение о поселении датирует с 1624 года. Согласно с легендами оно създано в начале XV века. Тогда в этих местах господствовал злой и жадный владелец по имени Еница. Он закрыл все колодцы и оставил всего один. Местные жители и люди из окружающих сёл должный были покупать на медные деньги воду из колодца. Вот почему и это сёление было известно като Балбунар (Медныи колодец).

На полтора километра на востоке от Кубрата, в местности Янката, находится балбунарский селищный курган. Курганные раскопки показали, что вокруг кургана было селище более 4000 лет назад. В VII веке состав населения был славяно-болгарский. Селище просъществувало до падения Болгарии под османским игом (в начале на XIV века). На его месте създано пришельцами село Балбунар. Первые дома расположены вокруг Медного колодца, ныне это Kубратская площадь.

В 1890 году в Балбунаре откривается основная школа, а 4 мая 1891 года основан дом культуры "Кирил и Мефодий".

Балбунар принимает своё новое имя в 1934 году - это имя праболгарского хана Кубрата, известнного в болгарской истории своим мудрым заветом к сыновям си: быть сплочёнными, чтобы никто не мог бы их победить, как и невозможно легко переломить виноградные ветки, свярзанные в снопе.

Самые замечательные приобретения г.Кубрата до 1940 года - это две мельницы, две чесальные мастерские и маслобойня. Важный промысел населения - земеделие, скотоводство, лесозаготовки, производство кирпича, торговля бакалейными и манифактурными товарами. В 1945 году создаётся ТПК, которая объединяет всех мелких ремесленников. Открыты были отделения для швейного ремесла, сапожного дела, деревообработки и др.

В 1949 году село Кубрат было объявлено городом.